La misión FLuorescence EXplorer (FLEX) es la primera misión diseñada específicamente para la observación por teledetección de la fluorescencia natural de la vegetación. Con el fin de ayudar en el desarrollo y diseño de la misión, se ha desarrollado el simulador de misión FLEX End-to-End Mission Performance Simulator (FLEX-E) a cargo de la ESA. El FLEX-E tiene como objetivos prioritarios la evaluación del concepto de misión, la consolidación de los requisitos técnicos del sistema y la verificación de los algoritmos de procesado propuestos. Este trabajo muestra de una forma genérica la cadena de procesado implementada en términos de arquitectura de software. A su vez, teniendo en cuenta los aspectos más científicos del FLEX-E, se hace hincapié tanto en el módulo de generación de las escenas sintéticas como en el módulo de procesado de productos de Nivel-2, detallando en cada caso los algoritmos incluidos en ellos. El FLEX-E permite un completo análisis estadístico de los resultados obtenidos, validando así sus algoritmos y el cumplimiento de los requisitos técnicos definidos para la misión FLEX.